Description des profils de résistance aux antimicrobiens à l'Institut National d'Hygiène de Lomé, Togo

Résumé : Cette étude a évalué les profils de résistance aux antibiotiques des bactéries isolées à l'Institut National d'Hygiène (INH) du Togo entre 2013 et 2015, à partir de 33 147 échantillons analysés. Les Entérobactéries (57,6 %), Staphylococcus spp. (21,1 %) et Streptococcus spp. (10,5 %) représentaient les espèces les plus isolées. Des résistances élevées ont été observées notamment pour Escherichia coli à l'amoxicilline, à la ticarcilline et au triméthoprime/sulfaméthoxazole. Ces résultats appellent à l'élaboration de nouvelles stratégies pour lutter contre l'émergence de bactéries multirésistantes au Togo.

Auteurs : Gnatoulma Katawa, Adodo Sadji, Gérard Akouétévi Toudji, Kossi Touglo, Pélagie Edlom Tchadié, Manuel Ritter, Wemboo Halatoko, Christèle Nguepou Tchopba, Marthe Oukoé Amessoudji, Marijo Parcina, Achim Hoerauf, Damintoti Simplice Karou, Yaovi Ameyapoh

Institutions : Département de Microbiologie et Contrôle Qualité, École Supérieure des Techniques Biologiques et Alimentaires, Université de Lomé, Togo ; Département de Bactériologie, Institut National d'Hygiène, Lomé, Togo ; Institut de Microbiologie Médicale, Immunologie et Parasitologie, Hôpital Universitaire de Bonn, Allemagne

Publication : Japanese Journal of Infectious Diseases, vol. 76, p. 91–100, 2023

DOI : 10.7883/yoken.JJID.2022.082

Contact : mahkatawa@yahoo.fr — Tél. : +228 93040661

Introduction

Les maladies infectieuses d'origine bactérienne sont répandues dans les environnements présentant des lacunes en matière d'hygiène et de nutrition équilibrée. Elles constituent un problème majeur de santé publique dans les pays en développement, notamment en Afrique, et représentent la principale cause de morbidité et de mortalité. Le diagnostic et la surveillance des maladies infectieuses émergentes revêtent donc une grande importance.

L'émergence de souches bactériennes multirésistantes représente un véritable problème de santé publique à l'échelle mondiale. Des études menées au Burkina Faso ont montré que l'utilisation non contrôlée des antibiotiques contre les bactéries pathogènes a augmenté leur résistance. Au Togo, des études sur la sensibilité des bactéries aux antibiotiques ont révélé l'apparition de résistances à des molécules en usage prolongé, ce qui renforce la crainte d'un usage inapproprié des antibiotiques. Or, un système national d'enregistrement et de suivi des données sur la résistance aux antimicrobiens (RAM) fait défaut.

Cette étude rétrospective a été entreprise afin d'évaluer les infections bactériennes courantes et leurs profils de sensibilité et de résistance aux antibiotiques à l'INH de Lomé, de 2013 à 2015.

Matériel et méthodes

Un total de 33 147 échantillons provenant de personnes malades ont été recueillis à partir d'écouvillons (vaginaux, urétraux et pharyngés) et de liquides biologiques (pus, crachat, urine, éjaculats, selles, liquide articulaire, ascitique et bronchique) au laboratoire de référence de bactériologie de santé publique de l'INH à Lomé, de janvier 2013 à décembre 2015.

Les échantillons ont été traités conformément aux normes nationales de procédures de bactériologie médicale. Les bactéries à Gram négatif ont été cultivées sur milieux EMB, CLED et chromogènes. Les Staphylococcus spp. ont été cultivés sur gélose Chapman ; les Streptococcus spp. sur gélose sang à 5 % de sang de mouton avec acide nalidixique ; les Neisseria sur milieu Thayer-Martin.

Le test de sensibilité aux antibiotiques (TSA) a été réalisé par la méthode de diffusion Kirby-Bauer selon les recommandations du Comité de l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM 2013). La production de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) a été révélée par la technique de double disque. L'analyse statistique a été effectuée avec le logiciel Epi Info version 3.5.4 ; le test du chi-carré avec p ≤ 0,05 a été considéré comme statistiquement significatif.

Résultats

Fréquences des échantillons et des souches bactériennes isolées

Les échantillons analysés comprenaient 38,17 % d'écouvillons vaginaux (12 653/33 147), 33,24 % d'urines (11 018/33 147), 11,61 % de selles (3 848/33 147) et 11,21 % d'éjaculats (3 716/33 147). Sur 33 147 échantillons, 3 497 souches à Gram positif et 1 970 souches à Gram négatif ont été isolées (5 467 au total). Parmi ces 5 467 souches, 47,81 % provenaient d'urines, 21,65 % d'écouvillons vaginaux, 6,12 % d'éjaculats, 6,10 % d'écouvillons urétraux, 15,34 % de pus et 7,07 % d'autres sources.

Les espèces les plus fréquentes étaient les Entérobactéries (57,6 %), les Staphylococcaceae (21,1 %) et les Streptococcaceae (10,5 %).

Profil de résistance des Entérobactéries

Escherichia coli présentait une résistance persistante sur les trois années à la pipéracilline (79,66 %, 75,1 % et 83 %), au triméthoprime/sulfaméthoxazole (79,3 %, 82 % et 82,8 %), à la ticarcilline (89 %, 89,7 % et 93 %) et à l'amoxicilline (94,1 %, 94 % et 96,09 %). En revanche, les souches restaient sensibles à l'imipénème, à l'amikacine et à la fosfomycine (> 90 % des isolats). Des résistances similaires ont été observées chez K. pneumoniae et K. ozaenae, avec notamment une proportion importante de souches résistantes à la minocycline (86,86–95,30 %). Les souches BLSE-positives d'E. coli et de K. pneumoniae étaient plus résistantes à la majorité des antibiotiques que les souches BLSE-négatives.

Profil de résistance des Staphylococcaceae et Streptococcaceae

Staphylococcus aureus présentait une résistance à la pénicilline G dans 100 % des cas sur les trois années. Les Streptococcaceae étaient résistantes au triméthoprime/sulfaméthoxazole (78,11–87,1 %), à la tétracycline (82,2–91,16 %) et à la norfloxacine (86,16–94,3 %). Escherichia coli et S. aureus isolés des urines étaient plus résistants aux antibiotiques que ceux isolés des prélèvements vaginaux.

Conclusion

Cette étude met en évidence des niveaux élevés de résistance aux antibiotiques chez les bactéries isolées à l'INH de Lomé entre 2013 et 2015. La surveillance de la résistance aux antimicrobiens est devenue une priorité, principalement dans les pays en développement, pour contrôler l'émergence de souches bactériennes multirésistantes. Il est nécessaire de développer de nouvelles stratégies pour lutter contre l'émergence des bactéries multirésistantes au Togo.

Mots-clés : Résistance aux antimicrobiens, bactéries multirésistantes, Institut National d'Hygiène, Togo